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Francis prend contact avec Alfred Baumann, établi à Genève. Il en apprend beaucoup sur son passé et peut enfin rentrer chez lui. Marion et Jenny l’accueillent, ainsi que le petit Noé. Quand Wally revient de mission, l’ambiance devient tendue. À l’anniversaire de Jenny, Delphy retrouve sa famille et un peu de mémoire. Pour reprendre son poste à bord du Poséidon, Delphy doit se soumettre à des tests sous hypnose.
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À bord du Poséidon, Thor Stafford et Bryan Brandt, chercheur du CIPE, enquêtent sur les disparitions. Ils suivent le plan d’exploration du K-CIPE disparu. Ils ont déjà découvert des cristaux aussi puissants que ceux de la géode, dont Brandt fait une démonstration. Marion et Francis s’intéressent aux tableaux d’Erican, intrigués par les nombreux symboles qu’ils cachent. Avec Alfred Baumann, ils se rendent chez Chris Haller, où Régina habite aussi désormais.
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À Rome, Régina espère enfin retrouver son fils Erican, mais il est subitement rentré à Venise. À son domicile, Francis, sa sœur, sa fille et ses amis apprennent qu’Erican a aussi disparu en public, comme Mandis. Francis et Régina cherchent des indices cachés dans Venise, afin d’obtenir en échange les œuvres de l’artiste. Dans les canaux, les méduses se font de plus en plus nombreuses, annonciatrices d’une perturbation énergétique.
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Thor le sirein fuit vers le Poséidon. Son nom, associé à son corps hybride, est publié dans la presse. Jenny et Francis prennent sa défense, contrairement à Mandis. Confiné dans sa cabine, Thor peut en sortir et adopter l’apparence de n’importe quel homme d’équipage. Même celle de Delphy, qu’un agent du FBI infiltré à bord prend pour Thor. Il veut le conduire à terre, mais leur hélicoptère est attaqué et plonge dans l’océan.
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Le Poséidon offre une pause à son équipage, conduit par petits groupes sur l’île Garden, le temps que Thyria apprenne à s’occuper de son bébé. De retour chez lui, Francis apprend que Jenny et Thor préparent une exposition sur les minéraux. Francis et Wally sont envoyés à Rome pour protéger Thor, victime de menaces. Mandis s’associe avec Marion pour surveiller les réactions des médias.
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Le Poséidon est toujours bloqué dans la géode, une dimension transitoire appelée « Ville des Milieux ». L’équipage s’y perd. Thomas Brandy y a rencontré les Orsaniens et s’intéresse à leur technologie. Chris Haller et Thor Stafford récoltent les cristaux translucides. Le seul moyen de sortir de ce piège : tous les hommes d’équipage doivent viser un même but.
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Francis découvre que lui et Thomas se sont déjà rencontrés, il y a plus de vingt ans. Suite à une série de séismes, l’île Neuve est partiellement engloutie. Chris convainc Grant d’aller récupérer les pierres, avant que l’île ne disparaisse complètement. Francis et Thor, tous les deux sireins, remontent à la surface juste à temps, mais laissent deux hommes derrière eux.
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Jenny et Francis franchissent des paliers virtuels qui les conduisent au centre de l’Usine. En récompense pour leurs pensées positives, ils se matérialisent dans un monde créé grâce à leurs désirs. Une prison dorée où leur vie est observée, analysée et cataloguée dans une immense banque de rêves. Dans l’Usine, le beau-frère de Grant meurt. L’amiral rend Delphy responsable de sa mort.
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Chris Haller, Thor et Jenny naviguent en Antarctique, pendant que le Poséidon se dirige vers l’ex-labo de Thyria l’Orsanienne. Des ondes négatives provenant des pierres noires atteignent ceux qui les approchent de trop près. Francis plonge à la recherche de Chris et Jenny. Il arrive dans une usine sous-marine mobile, dirigée par une intelligence artificielle.
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Delphy relit le journal de sa mère, convaincu que Frances existe quelque part. Il retrouve sa sœur, lors d’une conférence. Celle-ci s’appelle Régina et ignore qu’elle a été adoptée. Elle connaît l’histoire d’une pierre quand elle la touche. Ce don lui permet d’embarquer à bord du Poséidon, à la recherche de roches noires aux propriétés particulières.
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Grant, Torres, Baumann et Delphy atterrissent avec le subcoptère sur le destroyer « USS Seattle ». Des savants et des militaires s’y disputent la découverte de l’île et de sa distorsion temporelle. Mandis, adulte, fait partie des scientifiques et veut empêcher la destruction du site. Wally y retrouve un ex-ami d’enfance, Chris Haller. Jenny reproche à son père d’être toujours absent.
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Cette épreuve rapproche Francis de Wally. Une collaboration se crée entre les hommes du futur et les Atlantes, mais le continent est instable. Les explorateurs reviennent à bord du Poséidon en pensant avoir rêvé. Delphy croit devenir fou. Wally retrouve son poste de biologiste à bord.
