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L’amiral Grant défend sa légitimité concernant la construction du Poséidon devant une délégation du CIPE. Jenny lit à Francis les lettres inquiétantes qu’elle a reçues de Thor Stafford. L’amiral se laisse convaincre d’engager son sous-marin dans une nouvelle expédition où s’est effondrée l’Île Neuve.
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Des documents importants ont été volés dans la cabine de l’amiral. Il a été durement frappé à la tête. Delphy est chargé de retrouver son agresseur et le dossier disparu. Obligé de fouiller dans tout le sous-marin et de douter de ses collègues, il est lui-même considéré comme un voleur. L’homme le plus suspect semble être son ami Wally.
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Delphy s’interroge sur son attachement à la mer et le recul qu’il prend vis-à-vis des mères qu’il croise dans sa vie. Le Poséidon retourne sur les lieux où le K-CIPE a été détruit. Wally et l’amiral Grant étudient les notes d’Alfred Baumann pour tenter de comprendre pourquoi certains lieux sont influencés par le magnétisme ambiant. Delphy reçoit un avertissement d’un esprit supérieur, celui de Brandt. Il faut arrêter de chercher. Ce n’est pas une menace, mais une mise en garde.
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Le sous-marinier réalise que ses perturbations ont commencé suite à sa séance d’hypnose, conduite par Bryan Brandt. Delphy quitte le Poséidon pour régler ses problèmes. Accompagné d’Alfred Baumann, il est engagé à bord du K-CIPE. Les six chercheurs nient avoir été enlevés et Brandt fait pression sur Delphy pour qu’il se taise.
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Perturbé par des flashs aveuglants et intermittents, Delphy retrouve tout de même sa fonction pour une nouvelle mission : explorer des fonds marins à haut potentiel énergétique. Il conduit un robot cartographe télécommandé. Le chef Ryffel remplace Delphy au pilotage, car ses flashs le rendent imprévisible. Francis plonge, appelé par une méduse géante.
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Francis prend contact avec Alfred Baumann, établi à Genève. Il en apprend beaucoup sur son passé et peut enfin rentrer chez lui. Marion et Jenny l’accueillent, ainsi que le petit Noé. Quand Wally revient de mission, l’ambiance devient tendue. À l’anniversaire de Jenny, Delphy retrouve sa famille et un peu de mémoire. Pour reprendre son poste à bord du Poséidon, Delphy doit se soumettre à des tests sous hypnose.
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Delphy se réveille sur Orsano, mais n’est pas sûr qu’il s’agisse d’une planète ou d’une dimension parallèle. Il partage de bons moments avec Mandis et Siergo, comprend la symbolique des niveaux, apprend que Wally et le K-CIPE ont réapparu dix jours après leur disparition. Il rencontre Aniella, qui a enlevé Erican à l’âge de cinq ans, puis Erican lui-même. Alors qu’il reçoit d’intéressantes réponses, il revient sur Terre, à Lausanne, amnésique et sans ressources.
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À bord du Poséidon, Thor Stafford et Bryan Brandt, chercheur du CIPE, enquêtent sur les disparitions. Ils suivent le plan d’exploration du K-CIPE disparu. Ils ont déjà découvert des cristaux aussi puissants que ceux de la géode, dont Brandt fait une démonstration. Marion et Francis s’intéressent aux tableaux d’Erican, intrigués par les nombreux symboles qu’ils cachent. Avec Alfred Baumann, ils se rendent chez Chris Haller, où Régina habite aussi désormais.
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À Rome, Régina espère enfin retrouver son fils Erican, mais il est subitement rentré à Venise. À son domicile, Francis, sa sœur, sa fille et ses amis apprennent qu’Erican a aussi disparu en public, comme Mandis. Francis et Régina cherchent des indices cachés dans Venise, afin d’obtenir en échange les œuvres de l’artiste. Dans les canaux, les méduses se font de plus en plus nombreuses, annonciatrices d’une perturbation énergétique.
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Thor le sirein fuit vers le Poséidon. Son nom, associé à son corps hybride, est publié dans la presse. Jenny et Francis prennent sa défense, contrairement à Mandis. Confiné dans sa cabine, Thor peut en sortir et adopter l’apparence de n’importe quel homme d’équipage. Même celle de Delphy, qu’un agent du FBI infiltré à bord prend pour Thor. Il veut le conduire à terre, mais leur hélicoptère est attaqué et plonge dans l’océan.
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Le Poséidon offre une pause à son équipage, conduit par petits groupes sur l’île Garden, le temps que Thyria apprenne à s’occuper de son bébé. De retour chez lui, Francis apprend que Jenny et Thor préparent une exposition sur les minéraux. Francis et Wally sont envoyés à Rome pour protéger Thor, victime de menaces. Mandis s’associe avec Marion pour surveiller les réactions des médias.
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Le Poséidon est toujours bloqué dans la géode, une dimension transitoire appelée « Ville des Milieux ». L’équipage s’y perd. Thomas Brandy y a rencontré les Orsaniens et s’intéresse à leur technologie. Chris Haller et Thor Stafford récoltent les cristaux translucides. Le seul moyen de sortir de ce piège : tous les hommes d’équipage doivent viser un même but.
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Marion, la fille de l’amiral, écrit un article sur les sireins. Une photo de Thor, floue, montre qu’il s’agit d’un homme. Delphy est suspecté. Francis guérit la jambe de Wally, encore malade. Le Poséidon, avec Régina, retourne où l’île Neuve a disparu. Le Poséidon est guidé dans une géode géante, tapissée de cristaux aux vertus changeantes.
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Francis découvre que lui et Thomas se sont déjà rencontrés, il y a plus de vingt ans. Suite à une série de séismes, l’île Neuve est partiellement engloutie. Chris convainc Grant d’aller récupérer les pierres, avant que l’île ne disparaisse complètement. Francis et Thor, tous les deux sireins, remontent à la surface juste à temps, mais laissent deux hommes derrière eux.
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Promo!Une île se forme suite à une violente subduction, accompagnée d’une explosion de méthane. Le yacht de Thor Stafford et Chris Haller est bloqué au milieu de cette île neuve, alors qu’ils exploraient les environs, à la recherche des « pierres de vie », apparentées à la roche noire trouvée par Grant. Delphy et Brandy rejoignent les naufragés, pendant que le Poséidon est en réparation.
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Delphy se réveille, après un coma de trois semaines. L’amiral Grant lui montre une géode qui cache des cristaux. Ils émettent une onde encore jamais mesurée. Francis accélère sa guérison pour reprendre son poste avant le prochain départ. À bord, Thomas Brandy remplace Wally, blessé. Le Poséidon observe des modifications d’un fond sous-marin, proche de l’Antarctique.
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Jenny et Francis franchissent des paliers virtuels qui les conduisent au centre de l’Usine. En récompense pour leurs pensées positives, ils se matérialisent dans un monde créé grâce à leurs désirs. Une prison dorée où leur vie est observée, analysée et cataloguée dans une immense banque de rêves. Dans l’Usine, le beau-frère de Grant meurt. L’amiral rend Delphy responsable de sa mort.
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Chris Haller, Thor et Jenny naviguent en Antarctique, pendant que le Poséidon se dirige vers l’ex-labo de Thyria l’Orsanienne. Des ondes négatives provenant des pierres noires atteignent ceux qui les approchent de trop près. Francis plonge à la recherche de Chris et Jenny. Il arrive dans une usine sous-marine mobile, dirigée par une intelligence artificielle.
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Delphy relit le journal de sa mère, convaincu que Frances existe quelque part. Il retrouve sa sœur, lors d’une conférence. Celle-ci s’appelle Régina et ignore qu’elle a été adoptée. Elle connaît l’histoire d’une pierre quand elle la touche. Ce don lui permet d’embarquer à bord du Poséidon, à la recherche de roches noires aux propriétés particulières.
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Francis et Wally descendent à six mille mètres de profondeur dans un bathyscaphe, à la rencontre d’étranges méduses. Déjà confronté à ce phénomène en 1980, Thor Stafford vient apporter son expérience à Chris Haller et à l’équipage du Poséidon. Jenny, sa secrétaire stagiaire, l’accompagne. Une tornade emporte le bateau où ils sont regroupés.
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Grant, Torres, Baumann et Delphy atterrissent avec le subcoptère sur le destroyer « USS Seattle ». Des savants et des militaires s’y disputent la découverte de l’île et de sa distorsion temporelle. Mandis, adulte, fait partie des scientifiques et veut empêcher la destruction du site. Wally y retrouve un ex-ami d’enfance, Chris Haller. Jenny reproche à son père d’être toujours absent.
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Cette épreuve rapproche Francis de Wally. Une collaboration se crée entre les hommes du futur et les Atlantes, mais le continent est instable. Les explorateurs reviennent à bord du Poséidon en pensant avoir rêvé. Delphy croit devenir fou. Wally retrouve son poste de biologiste à bord.
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Les fonds marins se modifient. Des vestiges de l’Atlantide apparaissent. Huit membres de l’équipage du Poséidon, en mission sur l’île, sont propulsés dans le passé. Prisonniers des Atlantes, deux fois plus grands qu’eux, ils deviennent esclaves ou jouets. Zédéus exploite les connaissances de l’amiral Grant.
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Francis comprend ce que signifie la haine de Frances. Il retrouve Wally et Emma, sans ressources, sur l’île du ptérodactyle. Un typhon, suivi d’une éruption de gaz mortel, rend leur sauvetage périlleux. Dans une grotte, ils trouvent des indices sur l’existence très ancienne du continent Atlantide.
